民國45年6月01日
成立內政部警政署鐵路警察局第四警務段，首任段長王位中， 段址為花蓮市中山路41號。
民國45年6月01日
第四警務段花蓮派出所、鳳林派出所、玉里派出所、關山派出所、臺東分駐所等5個(分駐)派出所同時成立開始運作。
民國66年12月25日
因應北迴鐵路開通成立；花蓮新站派出所、南澳派出所、和平派出所、新城派出所等5個派出所。
民國69年8月01日
花蓮新站派出所調整為花蓮分駐所。
民國80年4月01日
搬遷第四警務段，段址為花蓮市中山路71號 。
民國80年7月01日
裁撤花蓮派出所，同時因應南迴鐵路開通成立知本分駐所、卑南派出所。
民國80年12月20日
卑南派出所改名為臺東新站分駐所、知本分駐所改名為知本派出所。
民國81年1月30日
開始派遣警力進駐南迴鐵路通車。
民國82年7月
第四警務段新建辦公大樓落成啟用，段址為花蓮縣花蓮市國聯一路130號 ，同時成立警備隊。
民國83年11月25日
臺東分駐所調整為臺東派出所。
民國90年5月1日
因臺鐵臺東舊站廢站，臺東派出所撤所。
民國92年1月1日
配合行政院人力精簡，本段將南澳派出所、新城派出所、鳳林派出所、關山派出所、知本派出所等5個派出所裁撤，另將臺東新站分駐所更名為臺東派出所，同時增加宜蘭分駐所、羅東派出所等2所。
民國94年12月4日
應本局轄區狀況需要， 恢復成立知本派出所。
民國103年1月1日
配合政府組織改造，更名為內政部警政署鐵路警察局花蓮分局。
民國104年12月15日
宜蘭分駐所改制為宜蘭派出所。
